El origen del Ministerio de Salud y Deportes, se remonta a agosto de 1938, durante la presidencia del Tcnl. Germán Busch, cuando se crea el Ministerio de Salubridad. Posteriormente en 1947 por determinación del Congreso Nacional se identifican las áreas de Salubridad y Trabajo, dando lugar al Ministerio de Higiene y Salubridad, creado en 1958 mediante Decreto Supremo sobre la Base del Código Sanitario y la base doctrinal de la Carta de Punta del Este durante el gobierno de Alfredo Ovando Candia.
Posteriormente y con la inclusión de la Seguridad Social, se constituye el Ministerio de Previsión Social y Salud Pública. Algunos años después y gracias al apoyo e impulso de la Cooperación Internacional de la OPS/OMS y bajo la dependencia de éste Ministerio, mediante Decreto Ley No. 7299 de 1º de Septiembre de 1965, se crea la Unidad Sanitaria Cochabamba, con los objetivos principales de la atención de la Salud Pública con el control de enfermedades prevalentes y los primeros esfuerzos de brindar atención a la madre y al niño.
Se hace constar que posteriormente con la Aprobación del Código de Salud mediante Decreto Ley No.15629 de 18 de Julio del 1978, durante la presidencia del General Hugo Banzer Suárez se aprueban las normas que rigen la Salud Pública, entre las cuales se prevén disposiciones legales para regir entre muchos otros, el trabajo sanitario en Educación para la Salud, Salud Mental y Deportiva; Higiene y Seguridad Industrial, Medicina del Trabajo y Contaminación del Medio Laboral; Reglamento de Saneamiento del Medio Ambiente y demás otras disposiciones entre las cuales figura también el de Reglamento de la Disposición de Órganos y Tejidos y Reglamento de Banco de Sangre; otros Órganos y Tejidos. En ese marco, la Unidad Sanitaria, empieza a implementar las Unidades y Programas para la operativización de estas disposiciones legales dentro la prevención, atención y protección de la Salud Pública.
El 20 de Abril de 1994 fue promulgada la Ley No. 1551 de Participación Popular, cuyo principal efecto jurídico para el Sistema de Salud del Departamento radica en lo dispuesto en su artículo 13-I “Se transfiere a título gratuito a favor de los gobiernos Municipales, el derecho de propiedad sobre los bienes inmuebles afectados a la infraestructura física de los servicios públicos de salud consistentes en: a) Hospitales de Segundo y Tercer Nivel, Hospitales de Distrito, Centros de salud de Área y Puestos Sanitarios dependientes de la Secretaría correspondiente del Ministerio de Desarrollo Humano”. Así mismo el Decreto Supremo Reglamentario de Aspectos Económicos y Patrimoniales No.23813 de 30 de Junio de 1994, dispone en su artículo 19: “la transferencia de infraestructura física de salud, se efectiviza a partir del 1º de Julio de 1994, debiendo los Gobiernos Municipales recibir el inventario de los bienes muebles e inmuebles afectados, suscribiendo el documento legal correspondiente e inscribiendo este documento para su protocolización ante notario de Hacienda Departamental.”
El 28 de Julio de 1995, se promulga la Ley de Descentralización Administrativa No. 1654, que establece en su artículo 5º de Atribuciones del Prefecto inciso a) “Administrar los recursos económicos y financieros y los bienes de dominio y uso Departamental” inciso e) “Formular y ejecutar los planes departamentales de desarrollo económico y social de acuerdo a las normas del Sistema Nacional de Planificación en coordinación con los Gobiernos Municipales y el Ministerio de Desarrollo Sostenible y Planificación en el marco del Plan General de Desarrollo Económico y Social de la República.”; inciso f) “Formular y ejecutar Programas y Proyectos de inversión pública en el marco del departamental de desarrollo y de acuerdo a las normas del Sistema Nacional de Inversión Pública y al régimen económico y financiero de la presente ley en las área de: Programas de asistencia social, Programas de fortalecimiento Municipal y otros concurrentes con los Gobiernos Municipales.” Y por último el inciso g) “Administrar, supervisar y controlar por delegación del gobierno nacional los recursos humanos y las partidas presupuestarias asignadas al funcionamiento de los servicios personales de educación, salud y asistencia social en el marco de las políticas y normas para la provisión de estos servicios.” las cuales se constituyeron en el marco legal que facultó al Prefecto para administrar y ejercer autoridad sobre la Salud del Departamento de Cochabamba.
El 02 de Junio del 1998, dentro el marco de lo preceptuado en el articulo 27 de la Ley 1654 de Descentralización Administrativa, se promulgó el D.S. 25060 de Nueva Estructura de las Prefecturas de los Departamentos para compatibilizarlas con la nueva estructura gubernamental establecida por la Ley de Organización del Poder Ejecutivo. Dicho Decreto Supremo, en su artículo 2º de Niveles de Administración – parágrafo VI.- identifica como Nivel Operativo al Servicio Departamental de Salud (SEDES), Institución que comprende el Servicio Especial de Salud Ambiental y el Servicio Especial dependiente de la Dirección de Desarrollo Social correspondiente al Nivel Ejecutivo de la Prefectura. En consecuencia, el fecha 27 de noviembre de 1998, se promulga el Decreto Supremo No. 25233 de Estructura de los Servicios Departamentales de Salud (SEDES), que como señala su artículo 2º “son órganos desconcentrados de las Prefecturas de Departamento. Tienen estructura propia e independencia de gestión administrativa, competencia de ámbito departamental y dependen linealmente del Prefecto, y funcionalmente de la Dirección de Desarrollo Social de la Prefectura del Departamento.”